Pues detectando esa ventana emergente que sale. Le dices al script que espere esa ventana hasta que aparezca. Una vez que aparezca, que le de a aceptar y que continue haciendo lo que sea.
Que es? Una especie de alert?
Si nos pones la web en la que pasa eso u otra que se comporte igual, la podremos analizar y dar una mejor solucion. Aaaaaah, y algo de codigo nunca viene mal
Saludos